┌──────────────────────────┬──────────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────────────────────────┬──────────────────────────────────────┬───────────┬────────────┬───────────┬─────────────┬─────────────┬──────────────┬────────────────────────┬─────────────┬────────────┬─────────────┬──────────────────────────────┬─────────────────────────────┬───────────────────────┬───────────┬────────────┬───────────┬────────────────────┬─────────────────────┬────────────────────┬─────────────────────┬────────────────────┬──────────────────┬───────────────┬─────────────────────────────┐
│ name                     │ ranker                   │ prot_prot DockQ SR   │ prot_prot DockQ SR (Antibody=False)   │ prot_prot DockQ SR (Antibody=True)   │ dna_dna   │ dna_prot   │ dna_rna   │ intra_dna   │ intra_lig   │ intra_prot   │ intra_prot (Monomer)   │ intra_rna   │ prot_lig   │ prot_prot   │ prot_prot (Antibody=False)   │ prot_prot (Antibody=True)   │ prot_prot (Peptide)   │ rna_lig   │ rna_prot   │ rna_rna   │ dna_dna DockQ SR   │ dna_prot DockQ SR   │ dna_rna DockQ SR   │ rna_prot DockQ SR   │ rna_rna DockQ SR   │ Ligand RMSD SR   │ PB Valid SR   │ PB Valid and Good RMSD SR   │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ entry_id_num/cluster_num │                          │ 1070/822             │ 982/745                               │ 90/78                                │ 60/62     │ 135/176    │ 45/40     │ 86/82       │ 146/68      │ 1261/767     │ 424/280                │ 120/59      │ 186/73     │ 1070/822    │ 982/745                      │ 90/78                       │ 15/14                 │ 1/1       │ 116/84     │ 30/18     │ 60/62              │ 135/176             │ 45/40              │ 116/84              │ 30/18              │ 187/74           │ 187/74        │ 187/74                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best                     │ 0.7789               │ 0.798                                 │ 0.5876                               │ 0.6021    │ 0.4691     │ 0.5901    │ 0.752       │ 0.9685      │ 0.8565       │ 0.8728                 │ 0.6049      │ 0.8179     │ 0.5945      │ 0.6137                       │ 0.4056                      │ 0.6338                │ 0.6457    │ 0.4435     │ 0.5378    │ 0.8968             │ 0.6763              │ 0.8688             │ 0.6882              │ 0.7222             │ 0.8142           │ 0.6651        │ 0.6153                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_pair_iptm     │ 0.6921               │ 0.7275                                │ 0.3453                               │ 0.5595    │ 0.3878     │ 0.5405    │             │             │              │                        │             │ 0.7617     │ 0.5254      │ 0.5505                       │ 0.2788                      │ 0.566                 │ 0.5669    │ 0.3259     │ 0.4754    │ 0.8968             │ 0.5539              │ 0.8438             │ 0.5385              │ 0.6667             │ 0.7131           │ 0.677         │ 0.5255                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │           │            │           │ 0.7156      │ 0.9439      │ 0.8436       │ 0.8622                 │ 0.5576      │            │             │                              │                             │                       │           │            │           │                    │                     │                    │                     │                    │ 0.6896           │ 0.6796        │ 0.4948                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.plddt               │ 0.6801               │ 0.7188                                │ 0.3017                               │ 0.5402    │ 0.3694     │ 0.5201    │ 0.7099      │ 0.9419      │ 0.8427       │ 0.8622                 │ 0.5615      │ 0.7315     │ 0.5147      │ 0.5425                       │ 0.243                       │ 0.5384                │ 0.6344    │ 0.3054     │ 0.4736    │ 0.8645             │ 0.535               │ 0.7938             │ 0.5038              │ 0.6667             │ 0.6811           │ 0.6297        │ 0.4773                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.ranking_score       │ 0.6852               │ 0.7235                                │ 0.3107                               │ 0.5361    │ 0.3797     │ 0.5297    │ 0.7103      │ 0.9466      │ 0.8392       │ 0.8604                 │ 0.561       │ 0.7482     │ 0.5166      │ 0.5426                       │ 0.2616                      │ 0.5782                │ 0.6344    │ 0.3194     │ 0.4763    │ 0.8484             │ 0.5608              │ 0.8062             │ 0.5148              │ 0.6667             │ 0.6864           │ 0.6316        │ 0.4535                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ median                   │ 0.6559               │ 0.6968                                │ 0.2568                               │ 0.54      │ 0.36       │ 0.5167    │ 0.7104      │ 0.9431      │ 0.8366       │ 0.8563                 │ 0.5618      │ 0.7516     │ 0.4967      │ 0.5241                       │ 0.2286                      │ 0.526                 │ 0.5707    │ 0.3174     │ 0.4824    │ 0.8806             │ 0.5052              │ 0.8                │ 0.5056              │ 0.6667             │ 0.7018           │ 0.606         │ 0.5155                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best                     │ 0.8125               │ 0.8253                                │ 0.6799                               │ 0.6308    │ 0.4995     │ 0.6153    │ 0.7649      │ 0.9688      │ 0.872        │ 0.8871                 │ 0.6254      │ 0.8585     │ 0.6313      │ 0.6446                       │ 0.4976                      │ 0.5936                │ 0.5666    │ 0.4882     │ 0.5561    │ 0.9153             │ 0.7477              │ 0.8625             │ 0.7709              │ 0.7222             │ 0.8681           │ 0.7813        │ 0.7165                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_pair_iptm     │ 0.7649               │ 0.7942                                │ 0.4756                               │ 0.5874    │ 0.4214     │ 0.5712    │             │             │              │                        │             │ 0.8082     │ 0.5819      │ 0.6003                       │ 0.3988                      │ 0.5268                │ 0.4928    │ 0.417      │ 0.5363    │ 0.8919             │ 0.6238              │ 0.8312             │ 0.6953              │ 0.7222             │ 0.7713           │ 0.6262        │ 0.5495                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │           │            │           │ 0.733       │ 0.9422      │ 0.8608       │ 0.877                  │ 0.6002      │            │             │                              │                             │                       │           │            │           │                    │                     │                    │                     │                    │ 0.7446           │ 0.6817        │ 0.5692                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.plddt               │ 0.7491               │ 0.7809                                │ 0.4355                               │ 0.5772    │ 0.4163     │ 0.5405    │ 0.7321      │ 0.9456      │ 0.8612       │ 0.8776                 │ 0.5973      │ 0.8017     │ 0.5723      │ 0.5929                       │ 0.3685                      │ 0.5339                │ 0.515     │ 0.4169     │ 0.522     │ 0.8677             │ 0.6228              │ 0.7938             │ 0.6789              │ 0.7222             │ 0.7526           │ 0.6947        │ 0.5625                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.ranking_score       │ 0.754                │ 0.7828                                │ 0.4692                               │ 0.5898    │ 0.4108     │ 0.5654    │ 0.732       │ 0.941       │ 0.8603       │ 0.877                  │ 0.5944      │ 0.7861     │ 0.5743      │ 0.5934                       │ 0.3853                      │ 0.5077                │ 0.5666    │ 0.4245     │ 0.5246    │ 0.8806             │ 0.599               │ 0.8312             │ 0.7083              │ 0.7222             │ 0.7417           │ 0.6307        │ 0.5164                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ median                   │ 0.7298               │ 0.7608                                │ 0.4244                               │ 0.5775    │ 0.3785     │ 0.536     │ 0.7283      │ 0.9425      │ 0.8583       │ 0.8761                 │ 0.5955      │ 0.7767     │ 0.5531      │ 0.5749                       │ 0.3371                      │ 0.5143                │ 0.5186    │ 0.4092     │ 0.5188    │ 0.8806             │ 0.5628              │ 0.7812             │ 0.683               │ 0.7222             │ 0.712            │ 0.6353        │ 0.5036                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-wo-rna_msa   │ best                     │ 0.8164               │ 0.8302                                │ 0.6744                               │ 0.6263    │ 0.4968     │ 0.6116    │ 0.7617      │ 0.9692      │ 0.8724       │ 0.8876                 │ 0.6043      │ 0.8583     │ 0.6319      │ 0.6459                       │ 0.4919                      │ 0.6042                │ 0.5535    │ 0.4598     │ 0.5668    │ 0.8919             │ 0.7412              │ 0.8688             │ 0.687               │ 0.7302             │ 0.8681           │ 0.7677        │ 0.7029                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-wo-rna_msa   │ best.chain_pair_iptm     │ 0.7623               │ 0.7873                                │ 0.5141                               │ 0.5816    │ 0.4189     │ 0.5769    │             │             │              │                        │             │ 0.807      │ 0.5785      │ 0.5981                       │ 0.3835                      │ 0.5457                │ 0.4988    │ 0.3874     │ 0.5463    │ 0.8887             │ 0.599               │ 0.8562             │ 0.6427              │ 0.7222             │ 0.7713           │ 0.6428        │ 0.5494                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-wo-rna_msa   │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │           │            │           │ 0.7319      │ 0.9402      │ 0.861        │ 0.8773                 │ 0.5799      │            │             │                              │                             │                       │           │            │           │                    │                     │                    │                     │                    │ 0.7547           │ 0.6496        │ 0.5348                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-wo-rna_msa   │ best.plddt               │ 0.7456               │ 0.7787                                │ 0.4205                               │ 0.5689    │ 0.4096     │ 0.5315    │ 0.7325      │ 0.9441      │ 0.8614       │ 0.878                  │ 0.5789      │ 0.8085     │ 0.5696      │ 0.5918                       │ 0.3508                      │ 0.5022                │ 0.5237    │ 0.397      │ 0.5134    │ 0.8645             │ 0.6065              │ 0.7875             │ 0.6467              │ 0.7222             │ 0.7695           │ 0.6832        │ 0.5581                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-wo-rna_msa   │ best.ranking_score       │ 0.7441               │ 0.7697                                │ 0.4906                               │ 0.5813    │ 0.414      │ 0.5568    │ 0.729       │ 0.9397      │ 0.8603       │ 0.8772                 │ 0.5774      │ 0.7941     │ 0.5671      │ 0.5869                       │ 0.3712                      │ 0.5147                │ 0.5239    │ 0.3963     │ 0.5334    │ 0.8726             │ 0.6054              │ 0.8312             │ 0.6512              │ 0.7222             │ 0.7585           │ 0.6618        │ 0.5339                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-wo-rna_msa   │ median                   │ 0.7281               │ 0.7616                                │ 0.3987                               │ 0.5717    │ 0.378      │ 0.5311    │ 0.7261      │ 0.9422      │ 0.8586       │ 0.8767                 │ 0.5775      │ 0.7768     │ 0.5514      │ 0.5732                       │ 0.3367                      │ 0.5139                │ 0.5201    │ 0.3769     │ 0.5236    │ 0.8806             │ 0.5471              │ 0.7875             │ 0.6174              │ 0.7222             │ 0.7115           │ 0.6218        │ 0.5039                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-20250630     │ best                     │ 0.8502               │ 0.8536                                │ 0.8088                               │ 0.8065    │ 0.7494     │ 0.7981    │ 0.8779      │ 0.9881      │ 0.8884       │ 0.8991                 │ 0.834       │ 0.9155     │ 0.6951      │ 0.6978                       │ 0.6646                      │ 0.6786                │ 0.9943    │ 0.7216     │ 0.7457    │ 0.9194             │ 0.8798              │ 0.9562             │ 0.9102              │ 0.9333             │ 0.962            │ 0.7205        │ 0.703                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-20250630     │ best.chain_pair_iptm     │ 0.7984               │ 0.814                                 │ 0.6402                               │ 0.7549    │ 0.6929     │ 0.7654    │             │             │              │                        │             │ 0.8698     │ 0.6346      │ 0.6441                       │ 0.5378                      │ 0.5781                │ 0.9876    │ 0.6344     │ 0.6638    │ 0.9073             │ 0.8326              │ 0.9438             │ 0.8493              │ 0.8778             │ 0.8788           │ 0.653         │ 0.637                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-20250630     │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │           │            │           │ 0.8388      │ 0.9706      │ 0.8769       │ 0.8896                 │ 0.797       │            │             │                              │                             │                       │           │            │           │                    │                     │                    │                     │                    │ 0.8807           │ 0.6738        │ 0.6281                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-20250630     │ best.plddt               │ 0.7883               │ 0.8031                                │ 0.6385                               │ 0.7499    │ 0.6901     │ 0.7002    │ 0.8363      │ 0.9728      │ 0.8768       │ 0.8894                 │ 0.8028      │ 0.8819     │ 0.6291      │ 0.6383                       │ 0.5342                      │ 0.6522                │ 0.9909    │ 0.6412     │ 0.6847    │ 0.8952             │ 0.8346              │ 0.8562             │ 0.8424              │ 0.8778             │ 0.9066           │ 0.6749        │ 0.646                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-20250630     │ best.ranking_score       │ 0.7806               │ 0.799                                 │ 0.5953                               │ 0.7608    │ 0.6883     │ 0.7257    │ 0.8338      │ 0.9669      │ 0.8753       │ 0.8884                 │ 0.8006      │ 0.8614     │ 0.6231      │ 0.6349                       │ 0.5037                      │ 0.5558                │ 0.9909    │ 0.6391     │ 0.6729    │ 0.9032             │ 0.8262              │ 0.875              │ 0.8483              │ 0.8778             │ 0.8521           │ 0.6285        │ 0.5991                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1-20250630     │ median                   │ 0.7778               │ 0.7981                                │ 0.5741                               │ 0.7315    │ 0.6694     │ 0.6935    │ 0.8295      │ 0.9726      │ 0.8747       │ 0.8865                 │ 0.7992      │ 0.8703     │ 0.6184      │ 0.632                        │ 0.482                       │ 0.6455                │ 0.9909    │ 0.6286     │ 0.6837    │ 0.8992             │ 0.8132              │ 0.85               │ 0.83                │ 0.8778             │ 0.8688           │ 0.7159        │ 0.6843                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best                     │ 0.7355               │ 0.7707                                │ 0.3908                               │ 0.583     │ 0.3758     │ 0.3353    │ 0.7163      │ 0.9703      │ 0.8514       │ 0.8688                 │ 0.5113      │ 0.8114     │ 0.5581      │ 0.5832                       │ 0.3126                      │ 0.5198                │ 0.0644    │ 0.3155     │ 0.5394    │ 0.8871             │ 0.5421              │ 0.475              │ 0.446               │ 0.7222             │ 0.7362           │ 0.7199        │ 0.6075                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.aggregate_score     │ 0.6584               │ 0.7011                                │ 0.2423                               │ 0.5031    │ 0.2688     │ 0.2587    │ 0.6704      │ 0.9468      │ 0.8378       │ 0.8585                 │ 0.4703      │ 0.7404     │ 0.4922      │ 0.5183                       │ 0.2368                      │ 0.4123                │ 0.0516    │ 0.2257     │ 0.4554    │ 0.8194             │ 0.3767              │ 0.3688             │ 0.3618              │ 0.6667             │ 0.6395           │ 0.6328        │ 0.4705                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_pair_iptm │ 0.6661               │ 0.7103                                │ 0.2359                               │ 0.5176    │ 0.2765     │ 0.2804    │             │             │              │                        │             │ 0.7543     │ 0.499       │ 0.5262                       │ 0.233                       │ 0.4073                │ 0.0509    │ 0.238      │ 0.4385    │ 0.871              │ 0.3929              │ 0.4125             │ 0.3754              │ 0.6667             │ 0.6559           │ 0.6939        │ 0.5379                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_ptm       │                      │                                       │                                      │           │            │           │ 0.6712      │ 0.9505      │ 0.8395       │ 0.8592                 │ 0.4701      │            │             │                              │                             │                       │           │            │           │                    │                     │                    │                     │                    │ 0.6556           │ 0.6347        │ 0.4828                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ median                   │ 0.6359               │ 0.6841                                │ 0.1675                               │ 0.5021    │ 0.2391     │ 0.2547    │ 0.6704      │ 0.9488      │ 0.8365       │ 0.8581                 │ 0.4678      │ 0.726      │ 0.4769      │ 0.507                        │ 0.1837                      │ 0.3989                │ 0.0523    │ 0.1886     │ 0.4673    │ 0.8355             │ 0.3132              │ 0.3875             │ 0.3031              │ 0.6667             │ 0.6372           │ 0.6252        │ 0.4707                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best                     │ 0.7303               │ 0.762                                 │ 0.4201                               │ 0.5877    │ 0.431      │ 0.5245    │ 0.7306      │ 0.9688      │ 0.8523       │ 0.8694                 │ 0.5867      │ 0.8068     │ 0.5487      │ 0.5732                       │ 0.3105                      │ 0.5644                │ 0.5699    │ 0.3907     │ 0.5469    │ 0.9234             │ 0.6449              │ 0.8062             │ 0.6319              │ 0.7222             │ 0.7973           │ 0.5239        │ 0.4328                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.chains_ptm          │                      │                                       │                                      │           │            │           │ 0.7057      │ 0.9532      │ 0.8434       │ 0.8622                 │ 0.5568      │            │             │                              │                             │                       │           │            │           │                    │                     │                    │                     │                    │ 0.7211           │ 0.4989        │ 0.3615                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.confidence_score    │ 0.6782               │ 0.7228                                │ 0.2449                               │ 0.5413    │ 0.3584     │ 0.4864    │ 0.7019      │ 0.9507      │ 0.8435       │ 0.8626                 │ 0.5628      │ 0.7592     │ 0.5015      │ 0.5306                       │ 0.2194                      │ 0.4958                │ 0.5418    │ 0.3199     │ 0.5064    │ 0.8871             │ 0.5033              │ 0.7875             │ 0.5859              │ 0.7222             │ 0.7387           │ 0.4805        │ 0.3787                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.pair_chains_iptm    │ 0.6844               │ 0.7258                                │ 0.2813                               │ 0.5395    │ 0.3649     │ 0.4916    │             │             │              │                        │             │ 0.757      │ 0.5074      │ 0.5358                       │ 0.2323                      │ 0.47                  │ 0.5316    │ 0.3302     │ 0.512     │ 0.8871             │ 0.5099              │ 0.8                │ 0.574               │ 0.7222             │ 0.7308           │ 0.48          │ 0.3875                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ median                   │ 0.663                │ 0.7072                                │ 0.2338                               │ 0.5313    │ 0.353      │ 0.4672    │ 0.702       │ 0.9454      │ 0.8426       │ 0.8612                 │ 0.5567      │ 0.7393     │ 0.492       │ 0.5222                       │ 0.2                         │ 0.4768                │ 0.5497    │ 0.3194     │ 0.505     │ 0.871              │ 0.5043              │ 0.7625             │ 0.5651              │ 0.7222             │ 0.7023           │ 0.4641        │ 0.368                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best                     │ 0.7401               │ 0.7779                                │ 0.3699                               │ 0.6101    │ 0.4284     │ 0.5418    │ 0.7373      │ 0.9622      │ 0.8554       │ 0.8697                 │ 0.608       │ 0.7981     │ 0.5587      │ 0.5883                       │ 0.2716                      │ 0.5419                │ 0.7785    │ 0.4301     │ 0.5508    │ 0.9452             │ 0.6458              │ 0.7938             │ 0.6613              │ 0.7222             │ 0.7543           │ 0.6204        │ 0.5427                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.chains_ptm          │                      │                                       │                                      │           │            │           │ 0.7108      │ 0.9391      │ 0.8402       │ 0.8568                 │ 0.573       │            │             │                              │                             │                       │           │            │           │                    │                     │                    │                     │                    │ 0.6887           │ 0.6398        │ 0.5019                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.confidence_score    │ 0.6537               │ 0.6977                                │ 0.2259                               │ 0.5467    │ 0.3415     │ 0.4806    │ 0.7104      │ 0.9333      │ 0.8419       │ 0.8592                 │ 0.5713      │ 0.7498     │ 0.4881      │ 0.519                        │ 0.188                       │ 0.4287                │ 0.7298    │ 0.3593     │ 0.5167    │ 0.871              │ 0.5404              │ 0.7458             │ 0.5432              │ 0.7222             │ 0.6863           │ 0.5696        │ 0.4617                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.pair_chains_iptm    │ 0.6683               │ 0.7129                                │ 0.2344                               │ 0.5493    │ 0.3487     │ 0.4956    │             │             │              │                        │             │ 0.7537     │ 0.4968      │ 0.5281                       │ 0.1929                      │ 0.4554                │ 0.7719    │ 0.3592     │ 0.5236    │ 0.871              │ 0.5451              │ 0.75               │ 0.5463              │ 0.7222             │ 0.686            │ 0.5975        │ 0.4625                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼─────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────┼────────────┼───────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼─────────────────────┼────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ median                   │ 0.6442               │ 0.6895                                │ 0.2034                               │ 0.5326    │ 0.3133     │ 0.4582    │ 0.7064      │ 0.9297      │ 0.8416       │ 0.8583                 │ 0.5698      │ 0.7366     │ 0.4807      │ 0.5124                       │ 0.1718                      │ 0.4297                │ 0.7445    │ 0.3432     │ 0.517     │ 0.871              │ 0.4536              │ 0.75               │ 0.5202              │ 0.7222             │ 0.6532           │ 0.6157        │ 0.4424                      │
└──────────────────────────┴──────────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────────┴───────────┴────────────┴───────────┴─────────────┴─────────────┴──────────────┴────────────────────────┴─────────────┴────────────┴─────────────┴──────────────────────────────┴─────────────────────────────┴───────────────────────┴───────────┴────────────┴───────────┴────────────────────┴─────────────────────┴────────────────────┴─────────────────────┴────────────────────┴──────────────────┴───────────────┴─────────────────────────────┘