┌──────────────────────────┬──────────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────────────────────────┬──────────────────────────────────────┬────────────┬─────────────┬──────────────┬─────────────┬──────────────────────────────┬─────────────────────────────┬───────────────────────┬─────────────────────┬──────────────────────────────┐
│ name                     │ ranker                   │ prot_prot DockQ SR   │ prot_prot DockQ SR (Antibody=False)   │ prot_prot DockQ SR (Antibody=True)   │ dna_prot   │ intra_dna   │ intra_prot   │ prot_prot   │ prot_prot (Antibody=False)   │ prot_prot (Antibody=True)   │ prot_prot (Peptide)   │ dna_prot DockQ SR   │ prot_prot (Cyclic-Peptide)   │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ entry_id_num/cluster_num │                          │ 498/391              │ 53/32                                 │ 498/359                              │ 1/3        │ 1/1         │ 176/76       │ 498/391     │ 53/32                        │ 498/359                     │ 2/1                   │ 1/3                 │ 2/1                          │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best                     │ 0.4921               │ 0.7656                                │ 0.4677                               │ 0.1629     │ 0.6112      │ 0.8146       │ 0.3779      │ 0.5797                       │ 0.3599                      │ 0.7952                │ 0.3333              │ 0.7952                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_pair_iptm     │ 0.3163               │ 0.6719                                │ 0.2846                               │ 0.0711     │             │              │ 0.2639      │ 0.5075                       │ 0.2422                      │ 0.7746                │ 0.0                 │ 0.7746                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │            │ 0.5813      │ 0.7939       │             │                              │                             │                       │                     │                              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.plddt               │ 0.3139               │ 0.6719                                │ 0.282                                │ 0.0634     │ 0.4196      │ 0.7953       │ 0.2526      │ 0.5006                       │ 0.2305                      │ 0.7826                │ 0.0                 │ 0.7826                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.ranking_score       │ 0.3275               │ 0.6719                                │ 0.2968                               │ 0.0452     │ 0.5395      │ 0.7905       │ 0.2627      │ 0.4908                       │ 0.2424                      │ 0.7854                │ 0.0                 │ 0.7854                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ median                   │ 0.2417               │ 0.6406                                │ 0.2062                               │ 0.0685     │ 0.5395      │ 0.7895       │ 0.2119      │ 0.4809                       │ 0.188                       │ 0.7717                │ 0.0                 │ 0.7717                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best                     │ 0.5716               │ 0.7031                                │ 0.5599                               │ 0.2352     │ 0.6056      │ 0.8286       │ 0.4414      │ 0.5484                       │ 0.4319                      │ 0.7795                │ 0.0                 │ 0.7795                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_pair_iptm     │ 0.4292               │ 0.6406                                │ 0.4103                               │ 0.141      │             │              │ 0.3443      │ 0.5007                       │ 0.3303                      │ 0.758                 │ 0.0                 │ 0.758                        │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │            │ 0.5511      │ 0.809        │             │                              │                             │                       │                     │                              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.plddt               │ 0.4263               │ 0.7031                                │ 0.4016                               │ 0.1988     │ 0.545       │ 0.8123       │ 0.3395      │ 0.5234                       │ 0.3231                      │ 0.7709                │ 0.0                 │ 0.7709                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.ranking_score       │ 0.4167               │ 0.6406                                │ 0.3967                               │ 0.1844     │ 0.578       │ 0.8086       │ 0.3414      │ 0.5032                       │ 0.327                       │ 0.7466                │ 0.0                 │ 0.7466                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ median                   │ 0.3552               │ 0.6094                                │ 0.3326                               │ 0.1469     │ 0.5448      │ 0.8061       │ 0.3023      │ 0.485                        │ 0.286                       │ 0.7506                │ 0.0                 │ 0.7506                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best                     │ 0.3533               │ 0.6667                                │ 0.3254                               │ 0.1633     │ 0.2348      │ 0.8083       │ 0.2949      │ 0.5293                       │ 0.274                       │ 0.7443                │ 0.0                 │ 0.7443                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.aggregate_score     │ 0.2502               │ 0.5469                                │ 0.2238                               │ 0.1001     │ 0.218       │ 0.784        │ 0.2053      │ 0.4131                       │ 0.1868                      │ 0.6963                │ 0.0                 │ 0.6963                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_pair_iptm │ 0.2659               │ 0.5938                                │ 0.2367                               │ 0.1376     │             │              │ 0.2152      │ 0.4496                       │ 0.1943                      │ 0.7315                │ 0.0                 │ 0.7315                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_ptm       │                      │                                       │                                      │            │ 0.2267      │ 0.7886       │             │                              │                             │                       │                     │                              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ median                   │ 0.2084               │ 0.5781                                │ 0.1754                               │ 0.0794     │ 0.2182      │ 0.7843       │ 0.1845      │ 0.4344                       │ 0.1623                      │ 0.6963                │ 0.0                 │ 0.6963                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best                     │ 0.3339               │ 0.6953                                │ 0.3017                               │ 0.1068     │ 0.5786      │ 0.8013       │ 0.2682      │ 0.5166                       │ 0.246                       │ 0.8223                │ 0.0                 │ 0.8223                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.chains_ptm          │                      │                                       │                                      │            │ 0.5368      │ 0.7875       │             │                              │                             │                       │                     │                              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.confidence_score    │ 0.243                │ 0.6562                                │ 0.2061                               │ 0.0897     │ 0.5193      │ 0.7863       │ 0.2049      │ 0.4853                       │ 0.1799                      │ 0.7771                │ 0.0                 │ 0.7771                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.pair_chains_iptm    │ 0.254                │ 0.625                                 │ 0.2209                               │ 0.0981     │             │              │ 0.2102      │ 0.4783                       │ 0.1864                      │ 0.7917                │ 0.0                 │ 0.7917                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ median                   │ 0.213                │ 0.625                                 │ 0.1762                               │ 0.0866     │ 0.5315      │ 0.7878       │ 0.1924      │ 0.4752                       │ 0.1672                      │ 0.7881                │ 0.0                 │ 0.7881                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best                     │ 0.5193               │ 0.7188                                │ 0.5015                               │ 0.2471     │ 0.6185      │ 0.8439       │ 0.4436      │ 0.6268                       │ 0.4272                      │ 0.8756                │ 0.3333              │ 0.8756                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.chains_ptm          │                      │                                       │                                      │            │ 0.6014      │ 0.8244       │             │                              │                             │                       │                     │                              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.confidence_score    │ 0.4295               │ 0.7188                                │ 0.4038                               │ 0.0479     │ 0.5748      │ 0.8254       │ 0.3675      │ 0.5585                       │ 0.3505                      │ 0.8742                │ 0.0                 │ 0.8742                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.pair_chains_iptm    │ 0.427                │ 0.7031                                │ 0.4023                               │ 0.1425     │             │              │ 0.3656      │ 0.5578                       │ 0.3485                      │ 0.8617                │ 0.0                 │ 0.8617                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ median                   │ 0.4075               │ 0.7188                                │ 0.3797                               │ 0.0607     │ 0.5689      │ 0.8274       │ 0.3558      │ 0.5707                       │ 0.3366                      │ 0.8621                │ 0.0                 │ 0.8621                       │
└──────────────────────────┴──────────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────────┴────────────┴─────────────┴──────────────┴─────────────┴──────────────────────────────┴─────────────────────────────┴───────────────────────┴─────────────────────┴──────────────────────────────┘