┌──────────────────────────┬──────────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────────────────────────┬────────────┬─────────────┬──────────────┬────────────────────────┬────────────┬─────────────┬──────────────────────────────┬─────────────────────┬──────────────────┬───────────────┬─────────────────────────────┐
│ name                     │ ranker                   │ prot_prot DockQ SR   │ prot_prot DockQ SR (Antibody=False)   │ dna_prot   │ intra_lig   │ intra_prot   │ intra_prot (Monomer)   │ prot_lig   │ prot_prot   │ prot_prot (Antibody=False)   │ dna_prot DockQ SR   │ Ligand RMSD SR   │ PB Valid SR   │ PB Valid and Good RMSD SR   │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ entry_id_num/cluster_num │                          │ 29/26                │ 29/26                                 │ 1/1        │ 462/233     │ 86/56        │ 56/33                  │ 625/256    │ 29/26       │ 29/26                        │ 1/1                 │ 625/252          │ 625/252       │ 625/252                     │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best                     │ 0.7724               │ 0.7724                                │ 0.4682     │ 0.9676      │ 0.8671       │ 0.8708                 │ 0.7701     │ 0.6048      │ 0.6048                       │ 0.6667              │ 0.7319           │ 0.6067        │ 0.5182                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.aggregate_score     │ 0.7308               │ 0.7308                                │ 0.1929     │ 0.9405      │ 0.8558       │ 0.861                  │ 0.6982     │ 0.5591      │ 0.5591                       │ 0.3333              │ 0.6201           │ 0.6121        │ 0.4439                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_pair_iptm │ 0.734                │ 0.734                                 │ 0.3406     │             │              │                        │ 0.7064     │ 0.5605      │ 0.5605                       │ 0.1667              │ 0.6196           │ 0.6179        │ 0.4563                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_ptm       │                      │                                       │            │ 0.9425      │ 0.8552       │ 0.8603                 │            │             │                              │                     │ 0.6194           │ 0.6263        │ 0.464                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Chai-1                   │ median                   │ 0.7308               │ 0.7308                                │ 0.1475     │ 0.9425      │ 0.8549       │ 0.8589                 │ 0.6966     │ 0.5626      │ 0.5626                       │ 0.1667              │ 0.6231           │ 0.6332        │ 0.4484                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best                     │ 0.7846               │ 0.7846                                │ 0.488      │ 0.9712      │ 0.905        │ 0.9091                 │ 0.7993     │ 0.6805      │ 0.6805                       │ 0.5                 │ 0.751            │ 0.4908        │ 0.4161                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.chains_ptm          │                      │                                       │            │ 0.9466      │ 0.8991       │ 0.9028                 │            │             │                              │                     │ 0.6743           │ 0.52          │ 0.3845                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.confidence_score    │ 0.7846               │ 0.7846                                │ 0.0675     │ 0.9426      │ 0.8988       │ 0.9035                 │ 0.742      │ 0.6514      │ 0.6514                       │ 0.0                 │ 0.6745           │ 0.4877        │ 0.3813                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.pair_chains_iptm    │ 0.7846               │ 0.7846                                │ 0.2165     │             │              │                        │ 0.7493     │ 0.6543      │ 0.6543                       │ 0.1667              │ 0.6731           │ 0.4965        │ 0.3777                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ median                   │ 0.7846               │ 0.7846                                │ 0.131      │ 0.9414      │ 0.8987       │ 0.9033                 │ 0.7325     │ 0.6492      │ 0.6492                       │ 0.0                 │ 0.648            │ 0.4901        │ 0.363                       │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best                     │ 0.8808               │ 0.8808                                │ 0.5653     │ 0.9732      │ 0.9158       │ 0.9156                 │ 0.8251     │ 0.7547      │ 0.7547                       │ 1.0                 │ 0.8055           │ 0.6488        │ 0.5921                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.chains_ptm          │                      │                                       │            │ 0.9423      │ 0.9054       │ 0.9071                 │            │             │                              │                     │ 0.7089           │ 0.596         │ 0.5032                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.confidence_score    │ 0.8013               │ 0.8013                                │ 0.1765     │ 0.9413      │ 0.9067       │ 0.9076                 │ 0.7562     │ 0.6897      │ 0.6897                       │ 0.0                 │ 0.6985           │ 0.5936        │ 0.4901                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ best.pair_chains_iptm    │ 0.8295               │ 0.8295                                │ 0.0997     │             │              │                        │ 0.7757     │ 0.6962      │ 0.6962                       │ 0.0                 │ 0.7295           │ 0.6195        │ 0.5258                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Boltz-2                  │ median                   │ 0.8013               │ 0.8013                                │ 0.0991     │ 0.9392      │ 0.9084       │ 0.9097                 │ 0.7488     │ 0.6953      │ 0.6953                       │ 0.0                 │ 0.684            │ 0.6025        │ 0.4787                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best                     │ 0.8519               │ 0.8519                                │ 0.569      │ 0.9754      │ 0.9105       │ 0.9153                 │ 0.8424     │ 0.728       │ 0.728                        │ 1.0                 │ 0.855            │ 0.6942        │ 0.6315                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_pair_iptm     │ 0.7718               │ 0.7718                                │ 0.4036     │             │              │                        │ 0.7749     │ 0.6757      │ 0.6757                       │ 0.5                 │ 0.7201           │ 0.6468        │ 0.5201                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_ptm           │                      │                                       │            │ 0.9468      │ 0.9014       │ 0.9068                 │            │             │                              │                     │ 0.7138           │ 0.6362        │ 0.5007                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.plddt               │ 0.8167               │ 0.8167                                │ 0.5103     │ 0.9435      │ 0.9017       │ 0.9077                 │ 0.7497     │ 0.6862      │ 0.6862                       │ 0.6667              │ 0.7093           │ 0.6469        │ 0.5091                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.ranking_score       │ 0.7878               │ 0.7878                                │ 0.4296     │ 0.9471      │ 0.9014       │ 0.9065                 │ 0.7637     │ 0.6816      │ 0.6816                       │ 0.5                 │ 0.7095           │ 0.6351        │ 0.4961                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ median                   │ 0.7846               │ 0.7846                                │ 0.2655     │ 0.9453      │ 0.8979       │ 0.902                  │ 0.7559     │ 0.656       │ 0.656                        │ 0.3333              │ 0.6799           │ 0.6299        │ 0.4944                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best                     │ 0.9128               │ 0.9128                                │ 0.6108     │ 0.9749      │ 0.9199       │ 0.9239                 │ 0.8483     │ 0.7765      │ 0.7765                       │ 1.0                 │ 0.809            │ 0.6419        │ 0.5752                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_pair_iptm     │ 0.8551               │ 0.8551                                │ 0.5394     │             │              │                        │ 0.7888     │ 0.7217      │ 0.7217                       │ 1.0                 │ 0.7279           │ 0.6176        │ 0.4983                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_ptm           │                      │                                       │            │ 0.9453      │ 0.9132       │ 0.9177                 │            │             │                              │                     │ 0.7052           │ 0.6196        │ 0.4925                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.plddt               │ 0.8583               │ 0.8583                                │ 0.5364     │ 0.9418      │ 0.913        │ 0.917                  │ 0.77       │ 0.7308      │ 0.7308                       │ 1.0                 │ 0.719            │ 0.6389        │ 0.5007                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.ranking_score       │ 0.8583               │ 0.8583                                │ 0.5364     │ 0.9475      │ 0.9124       │ 0.9169                 │ 0.7757     │ 0.727       │ 0.727                        │ 1.0                 │ 0.7138           │ 0.6126        │ 0.4754                      │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────┼────────────────────────┼────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ median                   │ 0.8936               │ 0.8936                                │ 0.5428     │ 0.9456      │ 0.9116       │ 0.9156                 │ 0.763      │ 0.7416      │ 0.7416                       │ 1.0                 │ 0.7029           │ 0.6311        │ 0.4986                      │
└──────────────────────────┴──────────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────────────────────────┴────────────┴─────────────┴──────────────┴────────────────────────┴────────────┴─────────────┴──────────────────────────────┴─────────────────────┴──────────────────┴───────────────┴─────────────────────────────┘