┌──────────────────────────┬──────────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────────────────────────┬──────────────────────────────────────┬──────────────┬────────────────────────┬─────────────┬──────────────────────────────┬─────────────────────────────┬──────────────────────────────┬─────────────────────┐
│ name                     │ ranker                   │ prot_prot DockQ SR   │ prot_prot DockQ SR (Antibody=False)   │ prot_prot DockQ SR (Antibody=True)   │ intra_prot   │ intra_prot (Monomer)   │ prot_prot   │ prot_prot (Antibody=False)   │ prot_prot (Antibody=True)   │ [AF3-AB]prot_prot DockQ SR   │ [AF3-AB]prot_prot   │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ entry_id_num/cluster_num │                          │ 918/753              │ 845/695                               │ 104/58                               │ 1294/777     │ 501/309                │ 918/753     │ 845/695                      │ 104/58                      │ 67/61                        │ 67/61               │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best                     │ 0.797                │ 0.836                                 │ 0.3297                               │ 0.8576       │ 0.8796                 │ 0.6246      │ 0.65                         │ 0.32                        │ 0.3539                       │ 0.3028              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_pair_iptm     │ 0.7322               │ 0.7714                                │ 0.2625                               │              │                        │ 0.5576      │ 0.5847                       │ 0.2326                      │ 0.2547                       │ 0.2055              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │ 0.8457       │ 0.8698                 │             │                              │                             │                              │                     │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.plddt               │ 0.7365               │ 0.777                                 │ 0.251                                │ 0.8462       │ 0.87                   │ 0.5553      │ 0.5839                       │ 0.2123                      │ 0.2383                       │ 0.1872              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ best.ranking_score       │ 0.7305               │ 0.7697                                │ 0.2616                               │ 0.843        │ 0.8687                 │ 0.552       │ 0.58                         │ 0.2175                      │ 0.2711                       │ 0.2067              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v0.5.0          │ median                   │ 0.7186               │ 0.76                                  │ 0.2214                               │ 0.8404       │ 0.865                  │ 0.5402      │ 0.5691                       │ 0.1943                      │ 0.2254                       │ 0.1827              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best                     │ 0.8222               │ 0.8531                                │ 0.4516                               │ 0.8714       │ 0.8935                 │ 0.6387      │ 0.6607                       │ 0.3755                      │ 0.5274                       │ 0.4011              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_pair_iptm     │ 0.7645               │ 0.7978                                │ 0.3658                               │              │                        │ 0.5839      │ 0.6064                       │ 0.3136                      │ 0.4307                       │ 0.3488              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.chain_ptm           │                      │                                       │                                      │ 0.8614       │ 0.884                  │             │                              │                             │                              │                     │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.plddt               │ 0.7501               │ 0.7849                                │ 0.3332                               │ 0.8613       │ 0.8844                 │ 0.578       │ 0.6018                       │ 0.2927                      │ 0.3844                       │ 0.3314              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ best.ranking_score       │ 0.7525               │ 0.7883                                │ 0.3241                               │ 0.8593       │ 0.8832                 │ 0.5786      │ 0.6026                       │ 0.2909                      │ 0.3881                       │ 0.3357              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Protenix-v1              │ median                   │ 0.7379               │ 0.7753                                │ 0.2901                               │ 0.8591       │ 0.881                  │ 0.5677      │ 0.5938                       │ 0.2548                      │ 0.3675                       │ 0.3096              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best                     │ 0.7477               │ 0.7901                                │ 0.2398                               │ 0.8545       │ 0.8791                 │ 0.5679      │ 0.5974                       │ 0.215                       │ 0.1634                       │ 0.1549              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.chains_ptm          │                      │                                       │                                      │ 0.8466       │ 0.8729                 │             │                              │                             │                              │                     │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.confidence_score    │ 0.6962               │ 0.7394                                │ 0.1791                               │ 0.8465       │ 0.873                  │ 0.5231      │ 0.5527                       │ 0.1686                      │ 0.0997                       │ 0.1006              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ best.pair_chains_iptm    │ 0.694                │ 0.7369                                │ 0.1802                               │              │                        │ 0.525       │ 0.5545                       │ 0.1723                      │ 0.1021                       │ 0.1056              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Boltz-1                  │ median                   │ 0.6904               │ 0.7338                                │ 0.1705                               │ 0.8456       │ 0.8721                 │ 0.5165      │ 0.5467                       │ 0.1545                      │ 0.0833                       │ 0.091               │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best                     │ 0.7541               │ 0.7883                                │ 0.3437                               │ 0.8548       │ 0.8793                 │ 0.5779      │ 0.6031                       │ 0.276                       │ 0.3288                       │ 0.2645              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.aggregate_score     │ 0.7023               │ 0.7392                                │ 0.26                                 │ 0.8438       │ 0.8701                 │ 0.5243      │ 0.5518                       │ 0.1947                      │ 0.2313                       │ 0.1936              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_pair_iptm │ 0.7085               │ 0.7457                                │ 0.2628                               │              │                        │ 0.5284      │ 0.5556                       │ 0.2023                      │ 0.2477                       │ 0.1905              │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Chai-1                   │ best.per_chain_ptm       │                      │                                       │                                      │ 0.8445       │ 0.8708                 │             │                              │                             │                              │                     │
├──────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────┼────────────────────────┼─────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────────────┼──────────────────────────────┼─────────────────────┤
│ Chai-1                   │ median                   │ 0.6938               │ 0.7318                                │ 0.2391                               │ 0.8429       │ 0.8693                 │ 0.5147      │ 0.5427                       │ 0.1787                      │ 0.1996                       │ 0.1631              │
└──────────────────────────┴──────────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────────┴──────────────┴────────────────────────┴─────────────┴──────────────────────────────┴─────────────────────────────┴──────────────────────────────┴─────────────────────┘